Sau khi doanh nghiệp thực hiện việc sáp nhập, toàn bộ quyền và nghĩa vụ của bên bị sáp nhập, bao gồm cả nghĩa vụ về thuế và hóa đơn, sẽ được chuyển giao cho doanh nghiệp nhận sáp nhập theo quy định của pháp luật. Trong thực tế, không ít trường hợp phát sinh nhu cầu điều chỉnh hóa đơn sau thời điểm sáp nhập do sai sót, hàng hóa trả lại, hoặc thay đổi thông tin doanh nghiệp. Tuy nhiên, nếu không xử lý đúng quy định, doanh nghiệp có thể gặp rủi ro về kê khai, khấu trừ và quyết toán thuế. Bài viết này sẽ hướng dẫn cụ thể cách xử lý và kê khai hóa đơn điều chỉnh phát sinh sau khi công ty bị sáp nhập, nhằm giúp doanh nghiệp đảm bảo tuân thủ pháp luật và hạn chế rủi ro về thuế.
I. CĂN CỨ PHÁP LÝ
– Luật Doanh nghiệp số 59/2020/QH14 ngày 17 tháng 06 năm 2020
– Nghị định 123/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 “Quy định về hóa đơn, chứng từ”
– Nghị định 70/2025/NĐ-CP ngày 20 tháng 03 năm 2025 “Sửa đổi, bổ sung một số điều của nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ”
II. HƯỚNG DẪN VỀ PHÁT SINH ĐIỀU CHỈNH HOÁ ĐƠN SAU KHI CÔNG TY SÁP NHẬP
1. Sáp nhập Công ty
Căn cứ khoản 1, khoản 2 Điều 201 Luật Doanh nghiệp 2020 quy định về sáp nhập Công ty như sau:
“1. Một hoặc một số công ty (sau đây gọi là công ty bị sáp nhập) có thể sáp nhập vào một công ty khác (sau đây gọi là công ty nhận sáp nhập) bằng cách chuyển toàn bộ tài sản, quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp sang công ty nhận sáp nhập, đồng thời chấm dứt sự tồn tại của công ty bị sáp nhập.
Thủ tục sáp nhập công ty được quy định như sau:
a) Các công ty liên quan chuẩn bị hợp đồng sáp nhập và dự thảo Điều lệ công ty nhận sáp nhập. Hợp đồng sáp nhập phải gồm các nội dung chủ yếu sau: tên, địa chỉ trụ sở chính của công ty nhận sáp nhập; tên, địa chỉ trụ sở chính của công ty bị sáp nhập; thủ tục và điều kiện sáp nhập; phương án sử dụng lao động; cách thức, thủ tục, thời hạn và điều kiện chuyển đổi tài sản, chuyển đổi phần vốn góp, cổ phần, trái phiếu của công ty bị sáp nhập thành phần vốn góp, cổ phần, trái phiếu của công ty nhận sáp nhập; thời hạn thực hiện sáp nhập;
b) Các thành viên, chủ sở hữu công ty hoặc các cổ đông của các công ty liên quan thông qua hợp đồng sáp nhập, Điều lệ công ty nhận sáp nhập và tiến hành đăng ký doanh nghiệp công ty nhận sáp nhập theo quy định của Luật này. Hợp đồng sáp nhập phải được gửi đến tất cả chủ nợ và thông báo cho người lao động biết trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày thông qua;
c) Sau khi công ty nhận sáp nhập đăng ký doanh nghiệp, công ty bị sáp nhập chấm dứt tồn tại; công ty nhận sáp nhập được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ, các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và nghĩa vụ tài sản khác của công ty bị sáp nhập. Các công ty nhận sáp nhập đương nhiên kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ, và lợi ích hợp pháp của các công ty bị sáp nhập theo hợp đồng sáp nhập.
…”
Theo đó, sáp nhập công ty là việc một hoặc một số công ty (sau đây gọi là công ty bị sáp nhập) có thể sáp nhập vào một công ty khác (sau đây gọi là công ty nhận sáp nhập) bằng cách chuyển toàn bộ tài sản, quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp sang công ty nhận sáp nhập, đồng thời chấm dứt sự tồn tại của công ty bị sáp nhập.
2. Hướng dẫn về phát sinh điều chỉnh hoá đơn sau khi Công ty bị sáp nhập
Căn cứ điểm b, khoản 1 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP quy định như sau:
“1. Trường hợp phát hiện hóa đơn điện tử đã lập sai (bao gồm hóa đơn điện tử đã được cấp mã của cơ quan thuế, hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế đã gửi dữ liệu đến cơ quan thuế) thì người bán thực hiện xử lý như sau:
…
b) Trường hợp có sai: mã số thuế; sai về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng thì có thể lựa chọn điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử như sau:
…
Trường hợp trong tháng người bán đã lập sai cùng thông tin về người mua, tên hàng, đơn giá, thuế suất trên nhiều hóa đơn của cùng một người mua trong cùng tháng thì người bán được lập một hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế cho nhiều hóa đơn điện tử đã lập sai trong cùng tháng và đính kèm bảng kê các hóa đơn điện tử đã lập sai theo Mẫu số 01/BK-ĐCTT Phụ lục IA ban hành kèm theo Nghị định này.
…”
Căn cứ khoản 4, khoản 5 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP quy định như sau:
“…
4. Hóa đơn để điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập trong một số trường hợp như sau:
a) Đối với các hóa đơn điện tử đã lập khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không bị sai nhưng khi thanh toán thực tế hoặc khi quyết toán có sự thay đổi về giá trị, khối lượng trên cơ sở kết luận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật có liên quan thì người bán thực hiện lập hóa đơn điện tử mới đối với số chênh lệch qua quyết toán phản ánh theo đúng nghiệp vụ kinh tế phát sinh (phát sinh giảm ghi âm (-) hoặc phát sinh tăng ghi dương (+) phù hợp với thực tế).
b) Trường hợp việc chiết khấu thương mại căn cứ vào số lượng, doanh số hàng hóa, dịch vụ thì số tiền chiết khấu của hàng hóa, dịch vụ đã bán được tính điều chỉnh trên hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của lần mua cuối cùng hoặc kỳ tiếp sau đảm bảo số tiền chiết khấu không vượt quá giá trị hàng hóa, dịch vụ ghi trên hóa đơn của lần mua cuối cùng hoặc kỳ tiếp sau hoặc được lập hóa đơn điều chỉnh kèm theo bảng kê các số hóa đơn cần điều chỉnh, số tiền, tiền thuế điều chỉnh. Bảng kê được lưu tại đơn vị và xuất trình khi cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu. Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, bên bán và bên mua kê khai điều chỉnh doanh thu mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào tại kỳ lập hóa đơn điều chỉnh.
c) Xử lý hóa đơn điện tử trong trường hợp trả lại hàng hoá, dịch vụ:
c.1) Trường hợp trả lại hàng hóa: Trường hợp người mua trả lại toàn bộ hoặc một phần hàng hóa (bao gồm cả trường hợp đổi hàng làm thay đổi giá trị của hàng hóa đã mua) thì người bán lập hóa đơn điều chỉnh, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận về việc người mua lập hóa đơn khi trả lại hàng hóa thì người mua lập hóa đơn điện tử giao cho người bán; người bán, người mua thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định khi bán hàng hóa.
c.2) Trường hợp hàng hoá là tài sản thuộc diện phải đăng ký quyền sử dụng, quyền sở hữu theo quy định của pháp luật và tài sản đã được đăng ký theo tên người mua thì khi trả lại hàng hoá đảm bảo phù hợp với pháp luật liên quan, nếu người mua là đối tượng sử dụng hoá đơn điện tử thì người mua thực hiện lập hoá đơn trả lại hàng cho người bán.
c.3) Đối với trường hợp hoàn phí, giảm phí, giảm hoa hồng môi giới bảo hiểm và các khoản chi để giảm thu khác theo quy định của pháp luật kinh doanh bảo hiểm: Căn cứ vào hóa đơn đã lập và biên bản hoặc thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ số tiền phí bảo hiểm được hoàn, giảm (không bao gồm thuế giá trị gia tăng), số tiền thuế giá trị gia tăng theo hóa đơn thu phí bảo hiểm mà doanh nghiệp bảo hiểm đã thu (số ký hiệu, ngày, tháng của hóa đơn), lý do hoàn, giảm phí bảo hiểm thì người bán lập hóa đơn điều chỉnh giao cho khách hàng tham gia bảo hiểm, không phân biệt đã chi tiền hay chưa chi tiền. Trên hóa đơn ghi rõ số tiền phí bảo hiểm hoàn, giảm, lý do hoàn, giảm. Biên bản này được lưu giữ cùng với hóa đơn thu phí bảo hiểm tại doanh nghiệp và xuất trình khi có yêu cầu.
Đối với các trường hợp quy định tại điểm c.1, điểm c.2, điểm c.3, người bán, người mua phải có đầy đủ hồ sơ, chứng từ liên quan đến việc trả lại hàng hoá, dịch vụ và phải xuất trình khi được yêu cầu.
c.4) Trường hợp người bán đã lập hóa đơn khi thu tiền trước khi cung cấp dịch vụ hoặc lập hóa đơn thu tiền đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, nhà chuyển nhượng sau đó phát sinh việc huỷ hoặc chấm dứt giao dịch và hủy một phần việc cung cấp dịch vụ thì người bán thực hiện điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập theo quy định tại điểm b.1 khoản 1 Điều này.
d) Trường hợp tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán không dùng tiền mặt (sau đây gọi là tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán) đã lập hóa đơn thu phí dịch vụ thanh toán thẻ ngân hàng sau đó phát sinh giao dịch hoàn phí dịch vụ thanh toán thẻ ngân hàng cho đơn vị chấp nhận thẻ thì tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh theo quy định tại khoản 1 Điều này, trên hóa đơn điều chỉnh không cần có thông tin “Điều chỉnh cho hóa đơn số…. Mẫu số… ký hiệu… ngày…tháng…năm.”
đ) Đối với trường hợp cung cấp dịch vụ viễn thông mà khách hàng sử dụng thẻ trả trước dịch vụ viễn thông di động để thanh toán cho cước dịch vụ trả sau, nhắn tin ủng hộ từ thiện, các dịch vụ viễn thông khác được chấp nhận thanh toán bằng thẻ trả trước dịch vụ viễn thông di động theo quy định của pháp luật và khi bán thẻ cào, hoàn thành cung cấp dịch vụ doanh nghiệp viễn thông đã thực hiện lập hóa đơn giá trị gia tăng theo quy định, doanh nghiệp viễn thông căn cứ vào dữ liệu trên bảng kê hoặc biên bản làm việc với đối tác, khách hàng để thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh.
5. Áp dụng hóa đơn điều chỉnh, thay thế
…
c) Đối với nội dung về giá trị trên hóa đơn điều chỉnh thì: điều chỉnh tăng (ghi dấu dương), điều chỉnh giảm (ghi dấu âm) đúng với thực tế điều chỉnh;
d) Hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế đối với trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều này thì người bán, người mua khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn bị điều chỉnh, bị thay thế;
đ) Hóa đơn điều chỉnh đối với trường hợp quy định tại khoản 4 Điều này thì người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.”
Như vậy, việc kê khai hóa đơn điều chỉnh hóa đơn thay thế được thực hiện như sau:
– Hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế đối với trường hợp hóa đơn điện tử đã lập sai: mã số thuế; sai về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng
=> Người bán/ người mua kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn bị điều chỉnh, bị thay thế (hay còn gọi là kỳ gốc)
– Hóa đơn điều chỉnh đối với trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP
=> Người bán/ người mua kê khai vào kỳ phát sinh/ nhận được hóa đơn điều chỉnh (hay còn gọi là kỳ hiện tại)
3. Ví dụ
Trường hợp 1: Người bán/ Người mua thực hiện khai bổ sung vào kỳ phát sinh hoá đơn bị điều chỉnh, thay thế
– Tháng 5/2025, Công ty A bán hàng cho Công ty B, lập hóa đơn GTGT:
+ Giá trị hàng hóa: 100.000.000 đồng
+ Tiền thuế: 8.000.000 đồng (thuế suất 8%)
+ Tổng tiền hàng: 108.000.000 đồng
– Tháng 8/2025, Công ty A bị sáp nhập vào Công ty C.
– Sau sáp nhập, Công ty C phát hiện thuế suất đúng đối với hàng bán cho Công ty B tại tháng 5/2025 là 10%
=> Công ty C lập hóa đơn điều chỉnh tăng thuế GTGT gửi cho Công ty B.
Do dùng sai thuế suất nên hoá đơn điều chỉnh sẽ được kê khai như sau:
+ Công ty C kê khai bổ sung tăng 2.000.000 đồng vào tháng 5/2025
+ Công ty B kê khai bổ sung tăng 2.000.000 đồng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tại tháng 5/2025
Trường hợp 2: Người bán (Người mua) thực hiện kê khai vào kỳ phát sinh (nhận được) hoá đơn điều chỉnh
– Tháng 5/2025, Công ty A bán hàng cho Công ty B, lập hóa đơn điện tử:
+ Giá trị hàng hóa: 100.000.000 đồng
+ Tiền thuế GTGT: 10.000.000 đồng
+ Tổng tiền hàng: 110.000.000 đồng
– Tháng 8/2025, Công ty A sáp nhập vào Công ty C
– Tháng 9/2025, Công ty B phát hiện hàng bị lỗi, trả lại toàn bộ hàng cho Công ty A
=> Công ty C sẽ lập hóa đơn điều chỉnh giảm cho Công ty B.
Do hàng bán bị trả lại phát sinh sau sáp nhập nên việc kê khai được thực hiện như sau:
+ Công ty C thực hiện kê khai bổ sung giảm doanh thu 100.000.000 đồng cùng với số thuế tương ứng vào tháng 9/2025
+ Công ty B thực hiện kê khai bổ sung giảm chi phí mua hàng là 100.000.000 đồng cùng với số thuế đầu vào được khấu trừ tương ứng tại tháng 9/2025
III. CÔNG VĂN TRẢ LỜI VỀ CHÍNH SÁCH THUẾ
Theo Công văn số 4448/CT-CS của Cục thuế ngày 15 tháng 10 năm 2025 như:
IV. KẾT LUẬN
Như vậy doanh nghiệp nhận sáp nhập sẽ kê khai hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế như sau:
+ Đối với hoá đơn điện tử sai thông tin (mã số thuế; tiền; thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng) thì doanh nghiệp nhận sáp thực hiện kê khai bổ sung vào kỳ gốc.
+ Đối với các trường hợp như: điều chỉnh hoá đơn theo kết luận cơ quan nhà nước, chiết khấu, trả hàng, hoàn phí dịch vụ thanh toán thẻ ngân hàng, điều chỉnh hoá đơn dịch vụ viễn thông dùng thẻ trả trước, thì doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung vào kỳ hiện tại
(Bài viết trên chỉ mang tính chất tham khảo và theo ý hiểu của người viết, không phải ý kiến tư vấn cụ thể cho bất kỳ trường hợp nào)
Biên soạn: Võ Quỳnh Trang – Công ty TNHH Kiểm toán APS
Mọi thông tin xin liên hệ:
Công ty TNHH Kiểm toán APS
Địa chỉ: Số 46 Lô F2, Khu đô thị mới Đại Kim – Định Công, Phường Định Công, Thành phố Hà Nội
Email: auditing.aps@gmail.com
Website: https://aps-audit.vn
Facebook: https://www.facebook.com/APS.Audit
Tiktok: https://www.tiktok.com/@kiemtoanaps
Hotline/Zalo: 0979.508.565
