Trong quá trình triển khai các dự án đầu tư, đặc biệt là các dự án xây dựng cơ bản, việc phát sinh chi phí đầu vào trước khi hoàn tất đầy đủ thủ tục pháp lý – trong đó có Giấy phép xây dựng – là điều phổ biến và cần thiết nhằm đảm bảo tiến độ và hiệu quả của dự án. Các khoản chi phí này thường bao gồm chi phí khảo sát, thiết kế, tư vấn đầu tư, mua sắm vật tư thiết bị ban đầu và các dịch vụ liên quan đến công tác chuẩn bị đầu tư.
Tuy nhiên, khi thực hiện thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với các khoản chi phí này, nhiều doanh nghiệp gặp vướng mắc do thời điểm phát sinh hóa đơn trước ngày được cấp Giấy phép xây dựng, từ đó phát sinh câu hỏi liệu các hóa đơn này có đủ điều kiện được hoàn thuế hay không.
Bài viết này nhằm làm rõ quy định pháp luật hiện hành, hướng dẫn của cơ quan thuế, cũng như thực tiễn áp dụng liên quan đến việc hoàn thuế GTGT đối với các hóa đơn phát sinh trước khi dự án đầu tư được cấp Giấy phép xây dựng, từ đó giúp doanh nghiệp hiểu rõ quyền lợi, trách nhiệm và cách thức xử lý trong quá trình thực hiện hoàn thuế đúng quy định.
I. CĂN CỨ PHÁP LÝ
Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/06/2015 hướng dẫn về Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN);
Thông tư 130/2016/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng Quản lý thuế;
Nghị định 49/2022/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi;
Luật Đầu tư số 61/2020 quy định về hoạt động đầu tư kinh doanh tại Việt Nam;
Luật Xây dựng số 62/2020 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Xây dựng năm 2014
II. HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG CỦA DỰ ÁN ĐẦU TƯ ĐỐI VỚI CÁC HÓA ĐƠN PHÁT SINH TRƯỚC THỜI ĐIỂM ĐƯỢC CẤP GIẤY PHÉP XÂY DỰNG DỰ ÁN
- Quy định khởi công trước khi có giấy phép xây dựng
Khoản 39 Điều 1 Luật Xây dựng sửa đổi 2020 quy định khi khởi công xây dựng công trình phải bảo đảm các điều kiện sau:
(1) Có mặt bằng xây dựng để bàn giao toàn bộ hoặc từng phần theo tiến độ xây dựng.
(2) Đối với công trình phải có giấy phép xây dựng thì phải có giấy phép theo quy định.
(3) Có thiết kế bản vẽ thi công của hạng mục công trình, công trình khởi công đã được phê duyệt.
(4) Chủ đầu tư đã ký kết hợp đồng với nhà thầu thực hiện các hoạt động xây dựng liên quan đến công trình được khởi công theo quy định pháp luật.
(5) Có biện pháp bảo đảm an toàn, bảo vệ môi trường trong quá trình thi công xây dựng.
(6) Chủ đầu tư đã gửi thông báo về ngày khởi công xây dựng đến cơ quan quản lý nhà nước về xây dựng tại địa phương trước thời điểm khởi công xây dựng ít nhất là 03 ngày làm việc.
Như vậy, điều kiện tất yếu để được khởi công xây dựng công trình là có giấy phép xây dựng theo quy định.
- Quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư
2.1. Tại khoản 2, 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định về hoàn thuế GTGT đối với DAĐT như sau:
“2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
- Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
…
Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư….”
2.2. Tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP) quy định về hoàn thuế GTGT đối với DAĐT như sau:
“3. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 như sau:
- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:
- a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng”
2.3. Tại khoản 3 Điều 42 Luật Đầu tư số 61/2020/QH14 ngày 17/6/2020 quy định nguyên tắc thực hiện DAĐT như sau:
“3. Nhà đầu tư có trách nhiệm tuân thủ quy định của Luật này, pháp luật về quy hoạch, đất đai, môi trường, xây dựng, lao động, phòng cháy và chữa cháy, quy định khác của pháp luật có liên quan, văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư (nếu có) và Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (nếu có) trong quá trình triển khai thực hiện dự án đầu tư.”
2.4. Tại khoản 30 Điều 1 Luật số 62/2020/QH14 ngày 17/6/2020 sửa đổi, bổ sung Điều 89 Luật Xây dựng số 50/2014/QH13 ngày 18/6/2014 như sau:
“Điều 89. Quy định chung về cấp giấy phép xây dựng
Công trình xây dựng phải có giấy phép xây dựng do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp cho chủ đầu tư theo quy định của Luật này, trừ các trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này.”
2.5. Tại điểm 2.31 khoản 2 Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 sửa đổi, bổ sung Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính quy định về các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:
“2.31. Chi về đầu tư xây dựng cơ bản trong giai đoạn đầu tư để hình thành tài sản cố định.”
2.6. Tại khoản 9 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào:
“9. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.”
- Ví dụ
Trong năm 2024, Công ty A bắt đầu thực hiện dự án xây dựng nhà máy sản xuất từ tháng 1 năm 2024. Trong quá trình hoạt động, công ty đã mua nguyên vật liệu, thiết bị, và dịch vụ có thuế GTGT đầu vào với tổng trị giá 10 tỷ đồng, trong đó thuế GTGT là 1 tỷ đồng (Từ tháng 01/2024 đến tháng 06/2024 phát sinh các hóa đơn với số tiền thuế GTGT là 500 triệu đồng). Sau khi hoàn thành dự án và đi vào hoạt động, công ty A đã nộp đầy đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đầu vào phục vụ DAĐT. Tuy nhiên công ty có Giấy phép xây dựng có hiệu lực từ tháng 06/2024, do đó những hóa đơn chi cho đầu tư xây dựng cơ bản phát sinh trong thời gian tính từ ngày khởi công xây dựng (01/2024) đến trước thời điểm Giấy phép xây dựng được cấp có hiệu lực (tháng 06/2024) của DAĐT sẽ không đủ điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và xét hoàn thuế GTGT đối với DAĐT, số thuế GTGT đầu vào (500 triệu) không được khấu trừ trong giai đoạn đầu tư hình thành TSCĐ thì được tính vào nguyên giá TSCĐ tuy nhiên không tính thu nhập chịu thuế TNDN đối với khoản thuế GTGT đầu vào được khấu hao này.
III. MỘT SỐ CÔNG VĂN TRẢ LỜI VỀ CHÍNH SÁCH THUẾ
Công văn số 3324/CCTKV.XII-QLDN4-QNA ngày 29 tháng 05 năm 2025 của Chi Cục Thuế khu vực XII:
IV. KẾT LUẬN
Trường hợp Công ty có DAĐT mới đang trong giai đoạn đầu tư, nhưng không tuân thủ đúng tiến độ của DAĐT được quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và Công ty đã thực hiện đầu tư xây dựng trong thời gian chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép xây dựng, thì những hóa đơn chi cho đầu tư xây dựng cơ bản phát sinh trong thời gian tính từ ngày khởi công xây dựng đến trước thời điểm được cấp Giấy phép xây dựng của DAĐT sẽ không đủ điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và xét hoàn thuế GTGT đối với DAĐT.
Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ trong giai đoạn đầu tư hình thành TSCĐ, Công ty không được hạch toán vào chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế TNDN đối với khoản thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư của dự án để hình thành TSCĐ.
Tuy nhiên đây là quan điểm của người viết dưới góc độ tham công văn của một số chi cục địa phương công văn có thể mang tính chất cục bộ, người đọc muốn biết thêm chi tiết xin vui lòng liên hệ để được tư vấn về các chính sách về thuế GTGT, thuế TNDN đối với các chi phí thực hiện xây dựng ban đầu trước thời điểm Giấy phép xây dựng có hiệu lực để tránh gặp phải rủi ro về thuế.
(Bài viết trên chỉ mang tính chất tham khảo và theo ý hiểu của người viết, không phải ý kiến tư vấn cụ thể cho bất kỳ trường hợp nào)
Biên soạn: Trần Hồng Sơn – Công ty TNHH Kiểm toán APS – 086.755.7362
Mọi thông tin xin liên hệ:
Công ty TNHH Kiểm toán APS
Địa chỉ: Số 26 Biệt thự BT1 Bán đảo Linh Đàm, Phường Hoàng Liệt, Quận Hoàng Mai, Thành phố Hà Nội, Việt Nam
Email: auditing.aps@gmail.com
Website: https://aps-audit.vn/
Facebook: https://www.facebook.com/APS.Audit
Tiktok: https://www.tiktok.com/@kiemtoanaps
Hotline/Zalo: 0979.508.565
